Albert Schweitzerille internointiaika oli raskas koettelemus; se merkitsi myös mahdollisuutta testata hänen elämänkatsomustaan mahdollisimman haastavissa olosuhteissa. Laivamatkan ajan Schweitzereiden täytyi oleskella koko ajan hytissään, eikä puhua saanut kuin stuerttinsa kanssa. Schweitzer ei saanut myöskään lukea eikä kirjoittaa laivamatkan aikana, mutta soittaminen oli sallittua. Soitinta ei hänellä tietysti laivalla ollut, mutta hän harjoitteli pöydänkannella sormioita ja lattialla jalkiota sekä opetteli ulkoa Bachin fuugia ja Widorin urkusinfoniaa. Kerran päivässä he pääsivät hetkeksi nousemaan kannelle raikasta ilmaa saamaan. Muiden vankien muassa heidät sijoitettiin ensin kokoomaleiriin Bordeaux'ssa; täällä he saivat kärsiä ruoan puutteesta ja kylmyydestä, ja pian Albert Schweitzer sairastuikin ensi kertaa elämässään suolistosairauteen, joka vaivasi häntä vielä hyvän tovin. Kokoomaleirillä Schweitzerit viettivät kolme viikkoa aikaa ja sen jälkeen heidät siirrettiin yön aikana Pyreneillä sijainneeseen Garaisonin internointileiriin. Leiri sijaitsi kauan asumattomana olleen ja rappeutuneen luostarin suojissa, ja oli edellistäkin leiriä kylmempi paikka. Vankeina olleet kirvesmiehet saivat paikan kunnostettua edes jotenkin asuttavaksi vankien käyttöön.

Garaisonin vankileiri oli täynnä eri ammattilaisia monista yhteiskuntaluokista; oli naisia, miehiä, lapsia, eri kansojen edustajia, eri rotujen edustajia. Lähistöllä asunut vanha lääkäri vastasi leirin lääkinnästä, mutta työ osoittautui täysin riittämättömäksi näissä olosuhteissa. Albert Schweitzerin terveys vain huonontui näissä leirin vaatimattomissa olosuhteissa. Omia huoneita vangeilla ei leirillä ollut käytössä, vaan vangit oleskelivat yhteistiloissa. Äärimmäisen keskittymiskykynsä ansiosta Albert Schweitzer pystyi näissä haastavissa olosuhteissa harjoittelemaan myös soittoa puutteellisin välinein. Pian Schweitzer sai luvan auttaa leirin lääkäriä sairaiden hoidossa sekä hänelle järjestyi myös lupa kirjoittaa leirillä.

Garaisonin vankileirin vankiluetteloita. Tammikuussa 1918 leirillä oleskeli 949 vankia ja näistä 580 oli saksalaisia.

Keväällä 1918 saapui määräys, että elsassilaiset täytyisi siirtää St. Remy de Provence'in leiriin ja tämä määräys siis koski myös Schweitzereita. Tällä uudella leirillä olosuhteet olivat siedettävämmät kaikin puolin. St. Remyn leirillä Schweitzer sai toimia pappina, sillä leirin pastori, joka oli Schweitzerin entinen oppilas, otti hänet apulaisekseen. Pian Schweitzer toimi myös tämän leirin lääkärin virassa. Leirin johtajan – herra Bagnaud, joka aiemmin toimi poliisikomisariona Marseillessa – kanssa Schweitzer myös ystävystyi ja heidän kirjeenvaihtonsa kesti vielä pitkään. Heinäkuussa 1918 Schweitzerit pääsivät elsassilaisten vaihtovankien vaihdossa Zürichin kautta takaisin kotimaahansa.

Zürichissä Schweitzerit pääsivät tapaamaan vanhoja tuttujaan. Konstanzissa avioparin yhteinen matka päättyi hetkeksi, kun rouva Schweitzerin hakivat hänen vanhempansa ja toimittivat Strassburgiin. Albert Schweitzer jäi passin ja muiden papereiden selvittämisen vuoksi vielä paikkakunnalle ja seuraavana yönä hän pääsi perässä Strassburgiin. Kun Schweitzer yöllä saapui kaupungin rautatieasemalle, näyttäytyi kaupunki hänen silmissään kuin kuolleena kaupunkina; ei katuvaloja, ei ihmisiä kaduilla. Hän sai majoittua kuitenkin ystävien luona. Günsbach oli nyt Schweitzerin matkan varsinainen päämäärä ja sinne rajaseudulle päästäkseen hänen oli hankittava suunnattomasti papereita. Lupa vihdoin myönnettiin, mutta kävi ilmi, että lupa oli ylsi vain Colmariin asti ja viimeiset 15 km täytyisi Schweitzerin matkustaa jalan.

Günsbach, Albert Schweitzerin kotikylä.

Günsbachissa Schweitzer näki hajotettuja ja ammuttuja taloja, kranaattien silpomia puita ja kaduilla sotilaita, tykkejä ja kuorma-autoja. Sotilaat olivat majoittuineina majataloihin ja pappilassakin hän kohtasi alkuun vain täysin vieraita sotilaita. Täällä hän tapasi kuuden vuoden tauon jälkeen isänsä ja jätti kukkia äitinsä haudalle. Albert Schweitzer tunsi voimiensa vähenevän päivä päivältä ja kuume alkoi vähitellen nousta ja tuskat valtasivat alaa. Albertin vaimo saapui myös Günsbachiin auttamaan miestään, mutta siitä huolimatta Albert oli sairas ja masentunut tilansa vuoksi. Sota oli vienyt häneltä sairaalan ylläpitämiseen tarkoitetut varat ja hän oli ottanut vastaan varoja lähetyssaarnaajilta. Näitä varoja hän piti velkanaan, koska oli itse luvannut vastata sairaalansa ylläpidosta.

Heinäkuun lopulla vuonna 1918 Schweitzer päätti suostua leikkaukseen, joka suoritettiin Strassburgissa. Leikkaus suoritettiin syyskuun ensimmäisenä päivänä ja vielä toipilaana ollessaan Strassburgin kaupunki tarjosi hänelle apulaislääkärin virkaa sairaalan dermatologiselle osastolle. Myös hänen vanhassa seurakunnassaan, Pyhän Nikolain seurakunnassa, oli kappalaisen virka vapaana; Schweitzer otti molemmat virat vastaan ja asettui asumaan vanhaan pappilaan. Vaikka sairaus piti olla voitettu, ei Schweitzerin masennus eivätkä voimatkaan palanneet aivan entiselleen. Työnsä ohessa hän kirjoitti tutkimustaan eteenpäin sekä soitti urkuja. Vielä Schweitzerille tehtiin kesällä uusi leikkaus, mutta sekään ei johtanut täydelliseen parantumiseen. Barcelonassa hän kävi kuitenkin soittamassa urkukonsertin ja sai huomata kuitenkin pärjäävänsä muusikkona.

Omien lääkärin ja kappalaisen toimien sekä urkujensoiton lisäksi Albert Schweitzer palveli viemällä säännöllisesti repullisen ruokaa Kehlin kohdalla rajan taakse nälkää näkeville saksalaisille ystävilleen. Kuitenkin varsinainen innostus hänen toimistaan vielä tuolloin puuttui. 23.12.1919 saapui Albert Schweitzerille kirje Canterburyn arkkipiispalta. Kirjeessä arkkipiispa välitti Uppsalan arkkipiispan Nathan (Lars Olof Jonathan) Söderblomin (s. 15.1.1866 ja k. 12.7.1931) pyynnön saapua luennoimaan Uppsalan yliopistoon. Albert Schweitzer vastasi pyyntöön myönteisesti ja ryhtyi heti valmistelemaan luentojaan. Vaikka kulttuurifilosofiset kirjoitukset olivat vielä säilössä, hän muistin varassa kirjoitti ne uudestaan paperille; saipa jopa sanotuksi asiansa täsmällisemmin nyt uudelleen kirjoittaessaan. Keväällä 1920 Schweitzerit saapuivat Ruotsiin ja vielä saapuessaan Albert Schweitzer tunsi itsensä heikoksi. Jotakin Ruotsissa ollessa kuitenkin tapahtui, koska hän itse kertoi tuntemuksistaan seuraavaa: ”Olin tullut Ruotsiin uupuneena, masentuneena ja vielä sairastelevana miehenä. Uppsalan ihanassa ilmassa ja isäntäväkemme arkkipiispantalon hyvässä ilmapiirissä toivuin ja minusta tuli jälleen työniloinen ihminen.”

Uppsalan arkkipiispa Nathan Söderblom sai 1930 Nobelin rauhanpalkinnon.

Lämmin vastaanotto Ruotsissa oli edesauttamassa Schweitzerin toipumista, mutta suurin vaikutus lienee ollut tutustuminen arkkipiispa Nathan Söderblomin kanssa. Tuosta oppineesta ja luovasta taiteilijasta, musiikkimiehestä ja kirkon organisaattorista tuli Albert Schweitzerin ystävä. Schweitzer kirjoitti arkkipiispa Söderblomin muistelmat kolmetoista vuotta myöhemmin. Ruotsissa Schweitzer ajautui mielenkiintoisiin keskusteluihin ajatuksistaan ja sai innostuneen vastaanoton kaikkialla kulkiessaan. Lopulta arkkipiispa rohkaisi Schweitzeria perustamaan viidakkosairaalansa uudelleen ja lupasi myös rahallista tukea, jos Schweitzer esitelmöisi ja konsertoisi Ruotsissa asiansa hyväksi. Albert Schweitzer lämpeni ajatukselle ja sai esitelmämatkalleen nuoren teologian ylioppilaan tulkikseen.

Esitelmöijänä Schweitzer oli jo hionut tekniikkaansa kuntoon viidakkoaikoinaan. Tekniikastaan hän kirjoitti: ”Pääasia tässä tekniikassa on, että puhuu lyhyitä, yksinkertaisia ja selväpiirteisiä lauseita, että harjoittelee esityksen mitä huolellisimmin etukäteen tulkin kanssa eikä poikkea esityksessään tulkille tutusta alkutekstistä. Näin menetellen ei tulkin tarvitse lainkaan ponnistella käsittääkseen käännettävän lauseen tarkoituksen, vaan hän ottaa sen vastaan kuin pallon ja heittää heti kuulijoille.” Esitelmöidessään Schweitzer kertoi myös Lambarenesta ja sai kuulijakuntansa kukkaronnyörit aukeamaan. Schweitzer keräsi myös merkittävästi varoja hankkeelleen konsertoimalla Ruotsissa. Lähtiessään Ruotsista varoja oli jo niin paljon, että hän pystyi maksamaan suurimman osan veloistaan pois. Merkittävin muutos oli kuitenkin Schweitzerin innostuksen ja elämänpalon palaaminen asialleen. Nyt hän teki päätöksen viidakkosairaalan avaamisesta uudelleen.

Palattuaan Strassburgiin Schweitzer julkaisi vetoomuksen, jonka toivoi puhuttelevan varsinkin kaikkia heitä, jotka tunsivat itsensä tai läheisensä saaneen apua nykyaikaisesta lääketieteestä ja sen tuomista mahdollisuuksista. Vetoomuksen hän otsikoi: Tuskien merkitsemien veljeys. Lainaus vetoomuksesta: ”Tämä tuskien merkitsemien veljeys velvoittaa humanitääriseen lääkärintyöhön Afrikassa. Tämän työn tulee perustua apua saaneiden kiitollisuuteen. Lääkärien tulee heidän sijaisinaan lähteä matkaan täyttämään siirtomaissa elävien kärsivien parissa tehtävää, joka inhimillisen kulttuurin nimissä on täytettävä. Ennemmin tai myöhemmin tulee aate, josta teille tässä puhun, valloittamaan maailman, koska se järkähtämättömässä logiikassaan vetoaa sekä päähän että sydämeen. Mutta onko nyt oikea aika lähettää heitä maailmalle? Eurooppa on raunioina ja elää kurjuudessa. Niin paljon torjuttavaa hätää on jo lähimmässä ympäristössämme. Miten jaksamme enää ajatella kaukaisia ihmisiä? Totuudella ei ole määrättyjä hetkiä. Sen aika on aina, ja juuri silloin kun se näyttää epäajankohtaisimmalta. Huolenpito läheisestä ja kaukaisesta hädästä voidaan yhdistää, jos ne yhdessä pystyvät saamaan tarpeeksi paljon ihmisiä hereille ajattelemattomuudestaan ja herättämään eloon uuden humaanisuuden hengen.”